Japonlar, MÖ.10000 yılında Bering Boğazı'ndan Amerika kıtasına giden ve Türkler ile aynı ataya sahip olan Orta Asyalılar ile ilişkilere başlamıştır. Kendini Türk olarak tanımlayan bu insanlar, aralarında Türklerin de bulunduğu Cengiz Han'ın torunu Kubilay Han'ın ordusu ile 13.yy.da Japonya'ya karşı savaşmıştır.Japonların Türkler ile çok önceden birbirini tanıdığının bir diğer göstergesi de; Kaşgarlı Mahmut'un Divanı Lügati't Türk adlı eserindeki dünya haritasında Japon Adalarının  belirtilmesidir. Ayrıca Katip Çelebi, Cihannüma adlı eserinde ve Şemsettin Sami de Kamus-ul Alam adlı eserlerinde Japonya'dan bahsetmektedir. Katip Çelebi, Cihannüma adlı eserindeki haritada Japonya'yı "Yaponya" olarak göstermiş ve ülkenin idari yapısı, dili, dini, ekonomisi, ticareti, ahlakı, sanatı, geleneği ve göreneği hakkında bilgiler vermiştir. Şemsettin Sami ise Kamus-ul Alam adlı eserinde Japonya'nın birkaç büyük ada ve birçok küçük adadan oluştuğunu ifade etmiştir. Osmanlı döneminde iki devlet arasındaki ilişkiler, Sultan 2.Abdulhamit döneminde yani 19.yy.ın ikinci yarısında başlamıştır.Sultan 2.Abdulhamit dönemine kadar iki ülke arasındaki ilişkilerin olmamasının nedeni 1600-1868 yılları arasında Japonya'da hüküm süren Tokugawa Şogunlarının izolasyonist tutumlarıdır. Bu dönemde Japonya, uluslararası ilişkilerden uzak durmaktaydı.Meiji Restorasyonu ile başlayan dönemde ise Japonya, 1868 yılından sonra hızlı bir modernleşme vizyonunu hayata geçirerek 19.yy.da büyük ülkeler arasındaki uluslararası rekabete dahil olmuştur. 1870'li yıllarda ise Osmanlı Devleti ile diplomatik ilişkilere başlamıştır.İki ülke arasında ilişkilerin başlamasından sonra düşmanların ortak olması vs gibi durumlar iki ülkeyi daha çok yakınlaştırmıştır.1868 yılından sonra iki ülke arasındaki siyasi ve kültürel ilişkilerde; 1873 yılında Japonya 1.katibi İstanbul'a gelerek Sultan Abdulhamit'e dostluk nişanını sundu. Bu nişan bugün Topkapı Müzesi'nde bulunmaktadır.
  1. Dünya Savaşı'nda iki ülke birbirine karşı taraflarda bulunmaktaydı. Japonya, 1. Dünya Savaşı galiplerinden biri olarak Lozan'da yerini aldı.
Japonya, 7 Temmuz 1924 yılında Türkiye'yi resmen tanıyarak 1925 yılında iki ülke arasında karşılıklı olarak Tokyo Büyükelçiliği ve İstanbul Büyükelçiliği açıldı. Ama İstanbul'daki Japonya Büyükelçiliği 1937 yılında Ankara'ya taşındı.1930 yılında iki ülke arasında Türk-Japon Ticaret ve Seyrisefain Antlaşması imzalandı. 1962 yılında Türk-Japon Parlamentolararası Dostluk Grubu oluşturuldu. 1964 yılında ise Ferit Melen Japonya'da maliye bakanı Kakuei Tanaka ile görüştü ve Japonya OECD'ye üye oldu. 1994 yılında İstanbul Japon festivali yapıldı.2003 yılı, Japonya'da Türkiye yılı ilan edildi.2010 yılı ise Türkiye'de Japonya yılı ilan edildi. Osmanlı Devleti ve Japonya arasındaki ticari ilişkilerde ise iki ülke arasındaki ticaret yıldan yıla artmaktadır.2020 yılı itibariyle Türkiye'nin ihracatı 434 milyon ABD dolarıdır.İki ülke arasındaki toplam ticaret hacmi ise 2020 itibariyle 4.019 milyon ABD dolarıdır. Türkiye'nin Japonya'ya ihraç ettiği başlıca ürünler arasında tekstil, konfeksiyon, makarna, balıkçılık ürünleri ve otomotiv parçaları bulunmaktadır. Türkiye'ye son yirmi yılda 3,28 milyar ABD doları değerinde Japon kaynaklı doğrudan yatırım yapılmıştır.Türkiye ve Japonya arasında Ticaret ve Yatırım Zirvesi son olarak 11-13 Mart 2018 tarihleri arasında Tokyo'da gerçekleştirildi. İki ülke arasındaki İş Konseyi toplantısı ise son olarak 8 Aralık 2020 yılında çevrimiçi olarak gerçekleştirildi. Bu vesileyle iki ülke arasındaki ticari, kültürel, siyasi, ekonomik, sanat vb ilişkilerin artarak devam etmesini ve ülkemize ekonomik girdilerin artarak devam etmesini temenni ederim.